2024年南京市大学排名中，理科排名前三的学校分别是：

1.  南京大学（全国排名第6）

2.  东南大学（全国第21）

3.  南京理工大学（全国第37）

建议：

南京理工大学在理科排名中表现优异，位列第三。南京大学和东南大学在南京市理科高校中依然保持领先地位。建议学生在选择学校时，可以综合考虑学校的学科优势、专业设置和自身职业规划。