根据提供的信息，清华大学最好的系包括：

经济与金融专业：

这个专业在清华大学中享有很高的声誉，毕业生在金融行业内具有广泛的影响力。

计算机科学与技术专业：

清华大学计算机科学与技术系是中国计算机领域内教学科研实力强、影响力大的系。

土木工程专业：

作为清华大学最早成立的工程系之一，土木工程专业历史悠久，毕业生在施工单位及甲方单位有广泛的就业前景。

电气工程自动化专业：

清华的电气专业在电力行业中享有很高的声誉，特别是在高压电领域。

建筑学专业：

清华建筑学院由著名建筑学家梁思成先生创办，是中国建筑学界的领军机构。

材料科学与工程：

该系在材料科学领域拥有雄厚的师资力量和科研成果，培养了许多优秀人才。

请注意，这些信息可能会随着时间和学校政策的变化而有所调整，建议参考清华大学官方网站的最新信息以获得最准确的答案