重庆的高等教育发展面临一些挑战，以下是几个可能的原因：

财政投入不足

重庆市对高校的财政支持有限，导致重庆大学及其他市属高校资金不足，预算通常在20亿元以下。

重庆大学虽然是直辖市唯一的985大学，但其得到的财政支持与其地位不相符，与一些211大学相比，经费投入较少。

地理位置和生源问题

重庆位于盆地东部，地理位置相对局限，这可能影响当地居民的思维方式和视野。

重庆大学的出国留学比例在985大学中不算高，且大部分本科毕业生留在川渝地区工作，影响了生源质量。

管理和战略问题

重庆大学在高考招生时采用大类招生方式，这种方式可能导致学生被分配到不喜欢的专业，影响生源质量。

重庆大学在科研经费投入方面较少，工科为主的大学应有的经费投入却不如一些人文社科类院校。

政治和社会环境

重庆市在一段时间内政局不稳定，影响了经济和高教的发展。

多位院士英年早逝，导致人才断层，未能形成良性循环。

高校间竞争

在地区高校中，重庆大学的排名并未进入前列，与省内的西南大学相比，名次相差不大，未能充分展现其作为985大学的优势。

双一流评选

重庆的双一流大学数量和比例低于其他直辖市，作为国家9大中心城市之一，双一流评选同样表现不佳。

这些因素综合作用，导致重庆的高等教育发展面临困难。需要更多的财政支持、战略调整、人才培养和科研投入，以及稳定的政治和社会环境，才能促进重庆高等教育质量的提升