杭州医学院的学院设置包括以下几个主要学院：

1. 临床医学院

2. 医学影像学院

3. 检验医学院

4. 护理学院

5. 药学院（药物研究所）

6. 公共卫生学院（卫生学研究所、职业病防治研究所）

7. 基础医学与法医学院（病毒病研究所、寄生虫病研究所）

8. 信息工程学院（信息与教育技术中心）

9. 康复学院

10. 存济口腔医学院

请注意，以上信息以杭州医学院官网或最新公布的信息为准，如有变动，请及时关注学校官网更新