南京的外企医药专业排名如下：

辉瑞制药有限公司：

全球知名制药公司，主要从事创新药物的研发、生产和销售。

默克有限公司：

全球领先的生命科学和高科技公司，主要从事医药、生物科技、化学和电子等领域的研发和生产。

罗氏制药有限公司：

瑞士制药公司，主要从事创新药物的研发、生产和销售，涉及肿瘤、心血管、神经系统等多个领域。

这些公司在南京市场占有一定的份额，为南京市的医药产业发展做出了积极的贡献。