南京市玄武中等专业学校的学费情况如下：

学费全免：

前三年全面实行免学费政策。

部分专业后两年收费：

后两年按每年5000元的标准收费。

书本代办费和实习材料费：

每学期书本代办费为320元，每年实习材料费在250到400元之间不等。

住宿费：

住宿生住宿费为每学期400元。

额外技能训练费：

商务韩语、商务英语等专业另外收取一定数额的技能训练费。

建议：

选择专业时，可以综合考虑免学费政策和后两年的学费标准。

如果考虑住宿，需要额外考虑住宿费用。

对于需要额外技能训练的专业，可以评估这些费用是否值得。