五四时期，中国的高等教育机构包括：

北京大学：最早发起五四运动的最高学府，五四运动于1919年5月4日在北京爆发。

燕京大学：成立于1919年，与哈佛大学合作，国内外享有盛誉。

辅仁大学：由教会创办，1925年创办，1952年院系调整时消失。

齐鲁大学：由多个基督教教会联合开办，被称为“华北第一学府”。

东吴大学：中国第一所民办大学，1900年由基督教监理会在苏州创办。

圣约翰大学：中国首个全英语授课的大学，1879年创办，有“东方哈佛”之称。

震旦大学：由中国神父马相伯于1903年创办，1952年中国院系调整时各院系归并。

之江大学：基督教美北长老会和美南长老会在杭州联合创办，是中国十三所基督教大学之一。

这些大学在五四时期都扮演了重要的角色，并对中国近现代教育产生了深远的影响