截至2024年，新疆地区开设马业科学专业的高校排名如下：

新疆农业大学

排名第1，专业排名等级为A+。

青岛农业大学

排名第2，专业排名等级为A++。

内蒙古农业大学

排名第3，专业排名等级为A++。

塔里木大学

生命科学与技术学院建立了学士—硕士—博士的完整人才培养体系，拥有生物学一级学科博士学位授权点，培养动物学方向马业相关专业的博士。

新疆农业职业技术大学

畜牧兽医（现代马产业技术）专业是“双高计划”高水平专业群建设专业，是教育部现代学徒制第三批试点专业。

建议：

新疆农业大学在马业科学专业方面具有最强的办学实力和竞争力，是首选的院校。

青岛农业大学和内蒙古农业大学也是马业科学专业的重要高校，具有较高的教学和研究水平。

塔里木大学和新疆农业职业技术大学虽然排名稍后，但在特定领域如现代马产业技术等方面具有特色和优势。