南京医科大学开设的专业涵盖了医学、理学、工学等多个学科领域，具体包括：

医学相关专业：

基础医学

临床医学

口腔医学

公共卫生与预防医学

药学

特种医学

护理学

人文医学

理学相关专业：

生物信息学

应用统计学（生物统计学）

工学相关专业：

医学信息工程

生物医学工程

南京医科大学还有一些王牌专业和特色专业，例如：

国家特色专业：预防医学、临床医学、护理学、康复治疗学、口腔医学

双一流学科：公共卫生与预防医学

国家重点学科：内科学（心血管病）、劳动卫生与环境卫生学、药理学

国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学

此外，南京医科大学在生理学、生物化学与分子生物学等传统优势学科方面也有显著成就。