昌吉学院的专科专业排名如下：

电子商务

应用化学

自动化

金融数学

材料物理

计算机科学与技术

工商管理

财务管理

能源与动力工程

数学与应用数学

这些专业在历年的录取分数线中表现较好，可以认为是昌吉学院的优势专业。此外，根据昌吉学院学长学姐的实名推荐，以下专业也备受好评：

汉语言文学

计算机科学与技术

体育教育

小学教育

思想政治教育

物理学

学前教育

应用化学

工商管理

汉语言

这些专业不仅得到了学生的认可，而且在就业市场上也表现出色。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，同时参考这些排名和推荐信息，做出更为明智的选择。