深圳市南山区的南山博纳学校的学费如下：

小学部1-5年级：

18.8万元/学年。

初中部6-8年级：

20.8万元/学年。

高中部9-12年级：

22.8万元/学年。

艺术课程9-12年级：

28.8万元/学年。

建议家长和学生根据具体需求和预算，选择适合的年级和课程。