当前教育部全国软件工程专业大学排名中，清华大学排名第一，南京大学排名第二，北京航空航天大学位列第三。以下是部分排名情况：

1. 清华大学

2. 南京大学

3. 北京航空航天大学

4. 上海交通大学

5. 哈尔滨工业大学

6. 武汉大学

7. 复旦大学

8. 吉林大学

9. 浙江大学

10. 重庆大学

11. 北京理工大学

12. 北京交通大学

13. 东南大学

14. 华中科技大学

15. 大连理工大学

16. 华东师范大学

17. 东北大学

18. 同济大学

19. 北京工业大学

请注意，排名可能会随着时间和不同评价机构的标准有所变化。如果您需要最新的排名信息，建议访问教育部官方网站或相关教育机构发布的最新排名数据