截至2024年5月，南京市高淳区内的大学包括：

南京大学

南京师范大学

南京理工大学紫金学院（高淳校区）

南京机电职业技术学院（高淳校区）

南财红山学院（高淳校区）

江苏卫生健康职业学院

苏州科技大学天平学院（南京校区）

高淳开放大学

江苏第二师范学院溧水校区

潍坊护理职业学院溧水教学点

溧水区行政学校

金肯职业技术学院

金肯学院东校区

金肯学院西校区

南京航空航天大学金城学院

南京城市职业学院溧水校区

南京视觉艺术学院

应天职业技术学院

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