理科女生在三本院校可以选择的专业有以下几种推荐：

工程类专业：

如机械工程、电子工程、化学工程等。这些专业需要较强的数学和物理基础，适合对科技和工程感兴趣的女生。

计算机科学：

计算机科学是一个快速发展的领域，需要逻辑思维和编程技能，适合喜欢解决问题和创造新事物的女生。

物理学：

物理学是一门研究自然现象的学科，需要深厚的数学和物理知识，适合对自然科学感兴趣的女生。

生命科学：

如生物学、医学等，这些专业需要对生命科学有浓厚的兴趣，适合想要从事医学或生物研究的女生。

会计学：

会计学是一个就业前景好的专业，适合女生。

金融学：

金融学专业就业率很高，就业面广泛，适合女生。

护理学：

护理学是一个适合女生的专业，就业前景好。

经济类专业：

如金融工程、财政学、经济学、国际贸易学等，这些专业就业率好，就业面广。

管理类专业：

如旅游管理、人力资源管理、公共事业管理、工程管理等，这些专业不仅就业面广，毕业后工作也较好找。

环境类、食品类专业：

这些专业也适合理科女生。

市场营销：

虽然市场营销不是最佳选择，但语言类专业如日语和法语非常有市场。

汽车商务运营：

这个专业适合女生学习，就业前景较好。

城市规划：

城市规划专业的一次性就业率较高，就业前景主要在政府或企业部门从事城市、区域规划设计与管理等工作。

土木工程：

土木工程专业毕业生就业率一直名列前茅，适合女生。

财务管理：

财务管理专业市场需求量大，工作轻闲不累，适合女生。

医学类专业：

如临床医学、口腔医学等，这些专业适合理工科女生，就业方向明确。

根据以上推荐，理科女生在三本院校可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业。计算机科学、生命科学、会计学、金融学、管理类专业等都是不错的选择。建议选择知名度较高的大学，并且考虑未来的就业前景和发展潜力。