南阳元培学校存在以下问题：

学籍管理问题：

曾有学生学籍丢失的情况发生，学校未能给出合理解释，对主管部门的要求置之不理。

教学质量问题：

有学生和家长反映教学质量差，例如有学生表示，尽管自己勤奋努力，但在学校的考试成绩一直不理想。

设施问题：

寝室设施差，食堂饭菜质量不佳且价格偏高。

教师问题：

有学生反映，面试通过的教师感觉不靠谱。

教育理念问题：

有校友指出，元培的教育理念存在问题，如过分强调“培养效率”来衡量教育质量，而忽视了学生选择职业的自由和内心的自由。

学生指导问题：

元培在学生指导和教学管理上可能存在不足，部分不主动的学生可能没有得到足够的指导。

以上问题反映了元培学校在管理、教学、设施和学生服务等方面存在的不足。