南京理工大学的热门专业排名如下：

计算机科学与技术：

国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业。

电子信息工程：

包含通信工程、电子科学与技术等专业。

自动化专业：

在2006年排名中位居全国第二，国家级一流本科专业建设点。

机械工程：

全国排名约40位左右，省级学科。

化学工程与工艺：

在第五轮学科评估中获得A评级，国家级一流本科专业建设点。

兵器科学与技术：

连续在第四轮和第五轮学科评估中获得A+评级，国内学科评估中排名第一。

材料科学与工程：

国家级一流本科专业建设点，江苏省品牌专业。

软件工程：

在第五轮学科评估中获得A评级。

光电信息科学与工程：

包含专业如光电信息科学与工程、微电子科学与工程等。

安全工程：

国家级一流本科专业建设点，江苏省特色专业。

以上排名基于最近的信息，具体排名可能会根据不同的评估体系和时间点有所变化。