军校指挥系主要学习的专业包括：

防空兵高炮指挥

通信指挥

雷达指挥

侦查与特种兵指挥

指挥自动化工程

战术导弹指挥与工程

炮兵指挥

防化兵指挥

装甲兵指挥

电子对抗指挥

工程兵指挥

实验指挥工程

汽车指挥

武警指挥

此外，陆军指挥学院的核心专业包括：

合同战术学

战略学

战术学

军队指挥学

军队政治工作学

空军指挥学院的硕士专业则包括：

军事学相关的二级学科，如军队指挥学

军事硕士专业学位，包括全日制和非全日制两种培养方式

建议根据个人兴趣和职业规划，选择适合的专业。例如，如果希望成为合成军队或特种部队的指挥官，可以选择指挥自动化工程、战术导弹指挥与工程等专业。如果对政治工作和军事理论有浓厚兴趣，可以选择军队政治工作学、军事学相关二级学科等专业。