新疆农业著名专业的排名如下：

种子科学与工程：

在全国的排名中位列第4。

农业资源与环境：

在全国的排名中位列第5。

设施农业科学与工程：

表现出色，具有很高的排名。

草业科学：

在全国的排名中名列第1。

农林经济管理：

表现出色，具有很高的排名。

农业水利工程：

表现出色，具有很高的排名。

园艺：

表现出色，具有很高的排名。

水利水电工程：

表现出色，具有很高的排名。

土地资源管理：

表现出色，具有很高的排名。

农学：

表现出色，具有很高的排名。

动物科学：

表现出色，具有很高的排名。

动物医学：

表现出色，具有很高的排名。

机械设计制造及自动化：

表现出色，具有很高的排名。

林学：

表现出色，具有很高的排名。

马克思主义理论：

荣获中国四星级学科，位居新疆高校第3名，位列全国第106名。

交通运输工程：

荣获中国三星级学科，位居新疆高校第1名，位列全国第39名。

农业工程：

荣获中国四星级学科，位居新疆高校第1名，位列全国第10名。

食品科学与工程：

荣获中国三星级学科，位居新疆高校第1名，位列全国第39名。

建议：

种子科学与工程和 农业资源与环境在全国的排名中表现尤为突出，是新疆农业大学的王牌专业，建议优先考虑。

草业科学和 农林经济管理也是全国排名靠前的专业，具有很高的声誉。

水利水电工程和 机械设计制造及自动化等专业在新疆和全国都有很好的就业前景，值得考虑。

这些排名综合了不同来源的数据，建议进一步了解各专业的具体课程设置、师资力量和就业情况，以便做出更为明智的选择。