南京的二三流大学包括：

1. 南京工业大学

2. 南京工程学院

3. 南京医科大学

4. 南京中医药大学

5. 南京财经大学

6. 南京信息工程大学

7. 南京审计大学

8. 南京林业大学

9. 金陵科技学院

10. 南京晓庄学院

这些大学在各自的领域都有一定的特色和优势，为学生提供了良好的学习和研究环境。