蒙自市拥有多所高等教育机构，其中包括：

红河学院：

是一所全日制综合性本科院校，位于红河哈尼族彝族自治州州府蒙自市，是红河州唯一的本科高等院校。

云南大学商学院蒙自校区：

作为云南大学的重要组成部分，提供全日制普通高等本科教育。

红河卫生职业学院：

提供与卫生相关的职业教育。

红河职业技术学院：

提供职业技术教育。

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