考研需要考408计算机科学专业基础综合的南京高校包括：

985高校

南京大学

南开大学

东南大学

四川大学

东北大学

哈尔滨工业大学

浙江大学

中国农业大学

中央民族大学

211高校

东北林业大学

华东理工大学

北京交通大学

南京理工大学

湖南师范大学

河海大学

华北电力大学

南京师范大学

南京农业大学

安徽大学

暨南大学

其他高校

三峡大学

北京物资学院

南京邮电大学

南京理工大学

建议考研的同学根据自身情况，选择合适的院校和专业进行报考。