探讨哪个大学的院系更优秀，往往难以一概而论。然而，我们可以从录取分数线和热门专业角度来衡量。在清华大学，自动化和建筑学院以及经管学院常常被视为顶级选择，它们的录取门槛高，专业吸引力强。

至于北京大学，理科领域，数学科学院和物理学院以其高录取分数线备受瞩目。在社科方面，光华管理学院和经济学院的录取情况也很出色。值得注意的是，元培学院在部分省份备受状元青睐，因为它提供了灵活的教育环境，学生可以在入学后根据个人兴趣和职业规划，逐步调整专业方向，甚至更换专业，非常适合那些尚未确定自己专业方向的学生。

综上所述，如果你以分数和热门专业为参考，清华大学的自动化、建筑和经管院系在清华名列前茅；而北京大学的数学、物理和社科类院系同样表现出色，元培学院则为那些寻求自我探索和专业选择自由的学生提供了理想平台。最终的选择应根据个人兴趣和未来规划来定。