昆明医科大学更好。

1、昆明医科大学设有学院（部）18个，本科专业32个，国家级一流专业10个，国家级特色专业4个，国家级实验教学示范中心1个，国家临床教学培训示范中心1个，国家级一流课程5门，国家级课程项目3门，新乡医学院设有12个教学学院，本科专业30个，9个一级学科硕士学位授权点，10个专业学位硕士授权点，所以，在学科设置方面，昆明医科大学强于新乡医学院。

2、2023年，昆明医科大学排名全国第192名，新乡医学院全国排名为第262名，所以，在学校排名方面，昆明医科大学强于新乡医学院。