评选机构不同、影响力和认可度不同等。

1、北大核心期刊是由北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，且得到了学术界的广泛认同，中文核心期刊指的是《中文核心期刊要目总览》中列出的期刊，这个列表同样是由学术界权威专家鉴定并得到认可的。

2、北大核心期刊的影响力和认可度在学术界非常高，是除南大核心、中国科学引文数据库（CSCD）以外学术影响力最权威的一种，中文核心期刊虽也受到学术界的认可，但在影响力和认可度上略逊于北大核心期刊。