可以追溯到1902年成立的三江师范学堂农业博物科。

1928年调整为国立中央大学农学院。

1952年，南京大学农学院与金陵大学农学院、浙江大学农学院部分院系联合成立南京农学院。

1963年划归农业部直属。

1964年被确定为全国重点大学。

1972年南京农学院搬迁到扬州，与苏北农学院合并成立江苏农学院。

1978年被确认为全国重点大学。

1979年重新恢复南京农学院，为农林部直属院校。

1981年取得硕士点、博士点。

1984年更名为南京农业大学。

1998年加入211工程。

2000年，从农业部划归教育部直属。

2009年，教育部与农业部共建南京农业大学。

南京农业大学是南京农业机械学校、江苏农业技术学院合并的。