福建船政交通职业学院比较好的专业有航海技术、安全技术与管理、汽车检测与维修技术、道路桥梁工程技术、轮机工程技术、机电一体化技术、物流管理、计算机应用技术、报关与国际货运等。

这些专业在福建船政交通职业学院都是比较优秀的专业，具体哪个专业更好还需根据个人兴趣和职业规划进行选择。