云南中医药大学是全国第二批成立的高等中医药本科院校，为云南省唯一一所中医药本科院校。

1951年，经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班，2016年7月2日，云南省人民政府与国家中医药管理局共建云南中医学院。

2018年12月11日，云南中医学院更名为“云南中医药大学”。