云南省普洱学院设置二级学院14个：人文学院、外国语学院、政法学院、教师教育学院、数学与统计学院、生化学院、农林学院、理工学院、管理学院（州际英才学院）、艺术学院、体育学院、继续教育学院、东盟学院（暂与对外交流合作处合署办公）、思想政治理论教研室。