菏泽职业学院的学费为每学年4800/5000元。不同系别的收费标准不同，旅游管理系、经济系以及商贸物流系的学费为每学年4800元。信息工程系、机电工程系、建筑工程系、交通工程系以及食品科学与化学工程系的学费为每学年5000元。