工程硕士和工学硕士的主要区别在于两者的培养目标不同，工程硕士侧重于培养工程应用、复合型高层次工程技术和工程管理人才，侧重于实践型，对报考者有工作经验的要求；而工学硕士侧重于理论能力的培养必须要通过考试获得，侧重于理论系。