二级结构注销的时间通常取决于具体的流程和当地住建部门的工作效率。根据提供的信息，注销流程一般在5个工作日内办结。不过，这个时间可能因地区、提交材料的完整性、工作效率以及相关流程的繁琐程度而有所不同。

1. 申请人提出注销申请。

2. 区县住建委进行初审。

3. 市住建委行政综合服务大厅人员资格窗口复审并开具受理单。

4. 申请移交住建委注册中心，证书注销成功。

请根据您所在地区的具体流程和规定，以及您提交材料的准备情况，来预估注销所需的时间。