北京中医药大学提供多个班级供学生选择，其中包括但不限于以下专业：

中医学（岐黄国医班）- 九年一贯制，本博连读，有机会去新加坡南洋理工交换学习。

中医学（卓越中医班）- 五年+三年一体化培养模式。

中医学（卓越中医京华班）- 五年+三年一体化培养模式。

中医学（卓越中西医班）- 五年+三年一体化培养模式。

中医学（卓越中医儿科班）- 五年+三年一体化培养模式。

中医学（实验班）- 五年制。

针灸推拿学- 提供本科和研究生层次的教育。

中药学- 包括时珍国药班等，提供本科和研究生层次的教育。

护理学- 分为一本和二本，提供本科教育。

法学（医药卫生）- 提供本科教育。

英语（医学、中医药国际传播）- 提供本科教育。

制药工程- 提供本科教育。

公共事业管理- 提供本科教育。

工商管理- 提供本科教育。

这些班级中，中医学（岐黄国医班）被认为是北中医的招牌专业，并且是全校资源倾斜的班级。