在南京选择注册会计师培训机构时，可以考虑以下几个因素：

师资力量：

选择有丰富教学经验和专业资质的授课老师。

教学质量：

了解课程内容是否全面，教学方法是否科学有效。

辅导服务：

看机构是否提供全程辅导，能否针对疑点难点进行解答。

学习氛围：

选择一个学习环境良好，能促进学习效果的环境。

通过率：

参考过往学员的通过率，了解机构的教学效果。

口碑评价：

查看其他学员的评价和推荐，了解机构的信誉。

根据以上因素，以下是几家在南京地区口碑较好的注册会计师培训机构：

南京中公会计：提供注册会计师封闭集训课程，采用军事化全封闭教学管理模式，有独家研发的注会考题密卷。

南京仁和会计：拥有近300所直营校区，授课老师具有中级职称以上经验，注重实操教学。

南京高顿财经：以教学模式创新、丰富的教辅工具研发著称，注重考试动态分析和题库建设。

南京百创教育和 南京优路教育：提供面授培训，有多个校区，提供不同领域的专业课程。

建议在选择前，先进行详细咨询，对比不同机构的课程内容、教学方式、师资力量等，选择最适合自己的培训机构。同时，也可以参考网上的学员评价和推荐，以及机构的综合评分，来做出更加明智的选择。