自考申请毕业论文的流程通常包括以下几个步骤：

网上申请

考生登录教育考试院官网或主考院校的继续教育学院官网。

进入个人中心，进行毕业论文的网上申报及缴费。

资格审定

考生需携带准考证、最高毕业证书、各科考试成绩单及免考证明到当地自考办进行资格审定。

完成自考专业所规定的实践性环节课程考核并取得合格成绩。

思想品德经鉴定符合要求。

完成自考专业考试计划规定的理论课程且考试成绩合格。

论文选题与指导

考生查询并确认指导老师，与老师沟通论文写作方向。

学校根据论文写作方向划分不同分组并指定论文指导老师。

论文撰写

考生列出论文大纲，注意抓住重点和细节，遵循写作格式。

在老师指导下多次修改和完善论文。

论文答辩准备

论文修改完善后，指导老师确认通过。

考生准备答辩，通常学校会在规定时间内通知考生进行答辩。

提交论文登记表

考生填写毕业论文登记表，核对信息无误后提交。

预约答辩时间，并在预约成功后打印申请论文登记表。

请按照以上步骤操作，并注意查看当地自考办或主考院校发布的具体要求和指南，因为流程可能会有所变动。如果有任何疑问，建议直接咨询当地自考办或主考院校的工作人员