南京工业大学的王牌专业包括：

1. 化学工程与工艺

2. 过程装备与控制工程

3. 材料科学与工程

4. 土木工程

5. 电气工程及其自动化

6. 机械工程

7. 建筑环境与能源应用工程

8. 测绘工程

9. 制药工程

10. 建筑学

11. 安全工程

这些专业在学术地位、师资力量、实验设施以及就业前景方面都具有显著优势。