同济大学最厉害的系包括：

土木工程系：

该系在桥梁工程、岩土工程、结构工程等领域具有很高的声誉，并在教育部的学科评估中连续多年获得土木工程专业的第一名。

建筑系：

同济大学的建筑系在国内处于领先地位，培养出了众多杰出的建筑师，并在国内外享有盛誉。

车辆工程系：

在汽车设计、汽车电子、新能源汽车等领域具有较高的声誉。

城市规划系：

是国内最早成立的规划系之一，在城市规划、城市设计、区域规划等领域具有很高的声誉。

机械工程系：

在机械设计、机械制造、自动化等领域具有较强的实力。

此外，同济大学在航空航天与力学学院方面也有显著成就，力学和航空宇航科学与技术两个一级学科实现了博士点、博士后流动站全覆盖，并在上海市Ⅳ类高峰学科中占有一席之地。

这些信息基于最近的数据和评估，但请注意，大学的院系实力可能会随着时间和各种因素（如新的研究方向、教师引进、教学设施升级等）而发生变化。