当前中国教育部直属的高校包括：

1. 北京大学

2. 清华大学

3. 上海交通大学

4. 复旦大学

5. 浙江大学

6. 中国人民大学

7. 南京大学

8. 西安交通大学

9. 同济大学

10. 武汉大学

11. 南开大学

12. 华中科技大学

13. 北京师范大学

14. 东南大学

15. 四川大学

教育部直属高校通常都是985或211工程的重点院校，在教学、科研和社会服务等方面具有示范作用。