跨区施工的纳税流程通常包括以下几个步骤：

税务登记

施工企业应向项目所在地的税务局进行税务登记，取得税务登记证。

预缴税款

根据《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号），建筑企业总机构需要按月或按季，按项目实际经营收入的0.2%向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。

对于增值税，一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法时，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款；选择适用简易计税方法时，按照3%的征收率计算应预缴税款。小规模纳税人则统一按照3%的征收率计算应预缴税款。

纳税申报

施工企业需要定期向税务局报送相关纳税申报表，并按时缴纳税款。

纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，应按照财税文件规定的纳税义务发生时间和计税方法，向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款，并向机构所在地主管国税机关申报纳税。

个人所得税代扣代缴

总承包企业、分承包企业派驻跨省异地工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员在异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由总承包企业、分承包企业依法代扣代缴并向工程作业所在地税务机关申报缴纳。

其他税费缴纳

根据项目合同约定，施工企业还需缴纳项目所在地的地方税费，如城市维护建设税、教育费附加等。

汇总清算

建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。

请注意，具体的纳税规定可能会因地区而异，建议施工企业咨询当地税务局以获取最准确的纳税政策和程序