南京鼓楼区拥有众多高等教育机构，其中包括一些历史悠久和享有盛誉的大学。以下是部分位于南京鼓楼区的大学列表：

南京大学- 985/211工程高校，是中国顶尖的研究型大学之一。

东南大学- 985/211工程高校，以工科见长，拥有多个校区。

南京师范大学- 211工程高校，以师范教育著称。

河海大学- 211工程高校，以水利为特色，综合性强。

南京医科大学- 以医学教育和研究为主。

中国药科大学- 以药学教育闻名。

南京中医药大学- 以中医药教育为主。

南京工业大学- 以工科为主，注重产学研结合。

南京财经大学- 以经济管理类专业为主。

南京审计学院- 以审计专业为特色。

南京艺术学院- 以艺术教育和研究为主。

江苏省教育学院- 以教师培训为主。

江苏城市职业学院- 提供各类职业教育。

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