公司通常通过以下几种方式来查询员工的学历：

学信网查询

公司可以登录教育部学信网，进入学历查询部分，选择单位会员查询功能。

输入员工姓名和证书编号来验证学历的真伪。

要求员工提供学历证明

员工需提供学位证书、毕业证书等学历证明文件。

联系学校查询

直接联系员工毕业院校，核实学历信息。

社会认可的学历认证

员工通过社会认可的学历认证机构进行认证。

云端数据库系统

一些公司使用云端数据库系统来存储员工信息，包括学历。

查阅纸质证书

直接查看员工的学历证书和毕业证书。

图书馆或档案馆查询

通过学校图书馆或档案馆等地方查询。

人力资源部门直接查询

人力资源管理人员根据招聘员工的数量，定期向学信网发送查询清单，或亲自登录学信网进行查询。

要求员工个人打印学历报告

员工在学信网上打印学历报告，部分情况下可能需要支付费用。

以上方法可以相互验证，以确保获取的员工学历信息的准确性和真实性。需要注意的是，不同公司可能有不同的政策和流程，具体操作可能会有所不同