旅游公司在进行差额征税开票时，应遵循以下步骤：

1. 在开票软件中选择“差额开票”功能。

2. 输入收款金额和成本金额。

3. 选择适用的税率。

4. 系统会自动计算出应缴纳的税款。

5. 在发票上填写“扣除项目”栏，并注明具体的“差额纳税金额”。

6. 发票的税收要素应包含报销费用、服务费总额以及差额税费，其中税收基数为报销费用。

7. 发票备注栏应自动打印“差额征税”字样。

8. 根据规定，不得向旅游服务购买方开具增值税专用发票，但可以开具普通发票。

9. 发票开具不应与其他应税行为混开。

请确保所有扣除的费用都有合法有效的凭证，以便在税务审计时能够验证扣除的合法性。需要注意的是，税法和相关政策可能会有更新，因此在实际操作时应参照最新的税法规定和地方税务机关的具体指导