当公司支付赔偿款时，通常应计入“营业外支出”科目，表示这是一笔与企业日常经营活动无直接关系的支出。具体的会计分录如下：

借：营业外支出

贷：银行存款

这个会计分录反映了公司因支付赔偿款而减少的银行存款。如果赔偿款是由于企业的非常损失或固定资产盘亏等原因造成的，那么也可以使用“待处理财产损溢”科目进行核算，具体会计分录可能如下：

借：待处理财产损溢

贷：库存商品/原材料/固定资产

如果赔偿款是由于保险赔偿等原因收到的，那么会计分录可能如下：

借：银行存款/其他应收款-赔款

贷：营业外收入

请注意，赔偿款的性质和具体情况可能会影响会计分录的具体内容。在实际操作中，应确保所有相关凭证齐全，账目清晰，并符合会计原则和准则