当函证回函不符时，注册会计师应当采取以下步骤进行处理：

调查不符事项：

首先，注册会计师需要调查不符事项，以确定是否存在错报。

评估错报：

如果识别出存在错报，注册会计师需要根据《中国注册会计师审计准则第1141号—财务报表审计中与舞弊相关的责任》的规定，评价该错报是否表明存在舞弊。

评价内部控制：

询证函回函的不符事项可能显示被审计单位与财务报告相关的内部控制存在缺陷。

沟通与更正：

企业收到询证函后，如果回函内容与询证函要求不符，应首先核实原因，并与询证函发送方沟通，说明情况并请求更正。

记录与改进：

把当前问题的处理过程、风险点和注意事项记录下来，并加入到企业制度中，以避免类似情况再次发生。

替代程序：

对未回函的客户执行替代程序，通过检查相关销售合同、订单、发货通知单、出库单、销售发票、对账单、领用明细等文件，确认收入的真实性。

遵循法律法规：

在此过程中，企业需保持诚实、透明，并遵循相关法律法规。

定期检查：

定期检查处理进展并及时跟进，确保问题得到妥善解决。

请根据具体情况采取适当的行动，并确保所有步骤都符合审计标准和法规要求