吉林大学是中国东北地区一所重要的综合性大学，拥有多个王牌专业和特色学科。根据提供的信息，以下是一些被认为是吉林大学最好的系部或专业：

哲学系- 哲学专业被认为是吉大的王牌专业之一。

国际经济与贸易- 该专业在经济学领域享有较高的声誉。

法学- 法学相关专业在东北地区具有很高的影响力。

政治学与行政学- 该专业在政治学领域表现突出。

社会学- 社会学专业在社会科学领域有很强的竞争力。

汉语言文学- 中文相关专业在文学研究领域有很高的地位。

日语- 日语专业在语言学习方面有着良好的教学资源。

考古学- 考古学是吉林大学的一个A级学科，非常权威。

数学与应用数学- 该专业是国家级一流本科专业，拥有雄厚的师资力量。

物理学- 物理学专业也是国家级一流本科专业，并在全球ESI排名中表现优异。

化学- 化学专业是国家级特色专业，并在教育部全国学科评估中名列前茅。

机械工程- 机械工程专业在汽车制造领域享有很高的声誉，有“汽车人才的黄埔军校”之称。

请注意，以上信息基于不同时间点的数据，专业排名和声誉可能会随时间和各种因素（如教学评估、科研成果、行业需求等）发生变化。建议查看吉林大学官方网站或相关教育资源以获取最新信息