昆明海关共有27个隶属海关，分布在云南省的12个州市。这些海关中，沿边州市海关数量最多，共有22个，而非沿边的口岸海关有5个。具体的海关名称如下：

沿边州市海关：

德宏：盈江、章凤、瑞丽、畹町、芒市

临沧：南伞、孟定、沧源

普洱：孟连、思茅、勐康

西双版纳州：西双版纳、打洛、勐腊

文山州：都龙、天保、田蓬

红河：金水河、河口、蒙自

保山：腾冲

怒江：怒江

非沿边的口岸海关：

昆明机场海关

滇中海关

大理海关

丽江海关

香格里拉海关

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