公司申请开票的流程通常包括以下几个步骤：

税务登记

完成公司注册后，首先需要办理税务登记，获得税务登记证。

申请成为一般纳税人 （如适用）：

若公司需要开具增值税专用发票，需申请成为一般纳税人。

购买税控系统

根据税务局要求购买税控系统，并参加税控使用培训。

领购发票

携带税务登记证件、经办人身份证明、发票专用章印模等材料，向主管税务机关办理发票领购手续。

发行税控盘（如适用）：

若使用税控系统，需带着税控盘和专管员签字盖章的申请表到税务局发行税控盘。

开具发票

根据客户需求，在防伪税控开票系统中录入开票信息，包括购买方信息、货物或劳务名称、数量、单价和金额等，并打印保存。

发票存档

开具发票后，需要将发票原件存档，以备日后核对。

申报税款

将详细的发票信息报送给税务机关，用于税收征管。

请注意，具体流程可能因地区或税务局的规定有所不同，建议直接咨询当地税务局获取最新信息。