福建工程学院的王牌专业和热门专业包括：

土木工程- 专业的培养目标涉及建筑结构的设计、施工、管理等方面。

工程造价- 专注于工程项目的成本估算、预算编制和控制。

电气工程及其自动化- 研究电能的产生、传输、转换、控制、储存和利用。

材料科学与工程- 涉及材料的性质、制备、加工和应用。

机械工程- 包含机械系统的设计、制造、测试和维护。

管理科学与工程- 研究管理系统的优化、决策支持等。

环境科学与工程- 包括环境问题的研究、环境污染防治等。

建筑学- 专注于建筑设计、城市规划、室内设计等。

交通运输工程- 研究交通运输系统的规划、设计、运营和管理。

电子信息工程- 包含电子设备和系统的设计、开发和应用。

此外，福建工程学院还有一些国家级和省级一流本科专业建设点，如软件工程、建筑环境与能源应用工程、建筑学、工程造价、法学、英语、信息与计算科学、道路桥梁与渡河工程、公共事业管理等。

选择专业时，建议考虑个人的兴趣、职业规划以及专业的就业前景。同时，也可以参考最新的学校排名和专业的录取分数线，以及专业的实际应用情况。