长航局下属单位主要包括：

长江海事局（含江苏海事局）

负责长江干线的水上安全监管和船舶防污监管。

沿长江干线设置多个分支海事局。

长江航道局（含长江口航道管理局）

负责长江干流的通航安全、管理维护、水文测验等工作。

下设航道管理站、开发区管理站、水利工程勘测设计研究院、水文局等。

长江三峡通航管理局

负责三峡枢纽的通航管理。

长江通信管理局

负责长江沿线的通信信息保障。

长江引航中心

负责长江沿线的船舶引航工作。

长江航运总医院

提供医疗服务和救治。

中国水运报社有限公司

负责水运行业的报刊出版和信息传播。

长江水上交通监测与应急处置中心

负责水上交通的监测与应急处理。

其他直属单位

包括但不限于长江航道工程局有限责任公司等。

这些单位分布在长江流域的不同地区，共同协作完成航道管理和维护任务，确保长江沿线的交通运输和经济繁荣