军事科学院设有多个研究部门，主要包括：

研究院

战争研究院

军队政治工作研究院

军事医学研究院

系统工程研究院

国防工程研究院

防化研究院

军事法制研究院

国防科技创新研究院

中心

评估论证中心

军事科学信息中心

其他部门

办公室

政治工作部

管理保障部

科研部

这些部门覆盖了军事科学研究的多个领域，包括军事战略、作战理论与条令、军队建设、军事历史与百科、外国军事以及军队政治工作等。

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