企业查询员工学历信息可以通过以下几种方式进行：

要求员工提供学历证明文件

员工需提供学位证书、毕业证书等原件或复印件。

联系学校或教育机构

直接联系员工毕业的学校或教育机构，核实学历信息。

使用学历认证机构

通过社会认可的学历认证机构进行认证。

第三方背景调查公司

通过第三方公司进行学历验证，这些公司会与学校或教育机构联系核实信息。

在线查询

登录学信网或其他官方学历查询网站，输入员工姓名和证书编号进行查询。

云端数据库系统

使用云端数据库系统，可以查询员工包括学历在内的多项信息。

在查询过程中，企业应确保遵守相关法律法规，保证信息获取的合法性和保密性。